实质性分析程序是审计过程中的一个核心环节，主要目的是通过详细的测试和分析来验证财务报表中各类交易和账户余额的真实性和准确性。这一程序包括对交易的详细测试、对账户余额的函证以及对财务报表的分析性复核。
根据《中国注册会计师审计准则第1313号——分析程序》，在实施分析程序时，注册会计师需要将被审计单位的财务信息与以下信息进行比较：以前期间的可比信息、被审计单位的预期结果（如预算或预测等），以及可比的行业信息。此外，还需考虑财务信息要素之间的关系以及财务信息和相关非财务信息之间的关系。实施方法包括趋势分析法、比率分析法、合理性测试法和回归分析法等。
实质性分析程序用作实质性程序的分析程序，其目的在于通过比较和分析财务数据，识别财务报表中的异常变化或预期发生而未发生的变化，从而评估重大错报风险。当分析程序能比细节测试更有效地降低认定层次的检查风险至可接受的水平时，可用作实质性程序。这种方法不仅可以减少细节测试的工作量，节约审计成本，还能提高审计工作的效率和效果。
在具体操作上，注册会计师需要根据评估的认定层次重大错报风险来设计和实施实质性分析程序。这可能涉及对大量交易的分析，特别是在存在预期关系的情况下。例如，利用简单的预测模型可以非常准确地估计出某一期间的员工工资总额，从而降低对工资成本实施细节测试的必要性。
实质性分析程序在审计过程中扮演着至关重要的角色，不仅有助于提高审计效率，还能更有效地识别和评估财务报表中的风险。