五指毛桃:全基因组研究的新进展

五指毛桃,学名粗叶榕,属于桑科榕属的药食同源植物。近期,中国科学院华南植物园发布了关于五指毛桃染色体水平基因组的研究成果,该成果发表在国际期刊《科学数据》上。五指毛桃根部呈浅黄色,具有香气,含有多种生物活性化合物,如黄酮类、苯丙素类和多糖等,这些成分在提升植物抗病能力、适应环境变化及药用价值方面发挥重要作用。

目前,针对五指毛桃的基因组研究相对较少,尤其是在其特定药用成分的生物合成途径方面。尽管已有一些关于五指毛桃基因组的初步研究报告,但这些研究大多集中在表型特征或叶绿体基因组上,对全基因组的深入解析尚显不足。

中国科学院华南植物园的于慧研究员团队利用Illumina、PacBio HiFi及HiC等测序技术,首次获得了五指毛桃染色体级别的基因组图谱。该基因组总大小约为297.27Mb,scaffoldN50为19.71Mb,其中94.90%的序列被锚定到了13条染色体上。研究共注释到132.79Mb的重复元件,占基因组的44.67%。通过从头预测、转录组测序和同源基因比对,共鉴定出28625个蛋白编码基因,并成功获得其中92.39%基因的功能注释信息。

这项研究为解析香豆素等次生代谢物生物合成的分子机制及提升药用有效成分的品质奠定了前期基础。

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