孔子庙分布于中国多地，规模与历史背景各异。曲阜孔庙为祭祀核心，北京孔庙代表皇家祭祀传统，地方孔庙反映儒学文化渗透。
曲阜孔庙：祭祀核心
山东省济宁市曲阜市中心鼓楼西侧300米处。初建于公元前478年，以孔子故居为庙基。现存建筑群占地327亩，九进院落，含464间殿堂门坊，为明清两代遗存。黄瓦红墙，四角设角楼，仿北京故宫形制。与孔府、孔林合称“三孔”，1994年列入世界文化遗产。
北京孔庙：皇家祭祀场所
北京市东城区国子监街13号。元明清三代国家祭祀孔子的最高场所。始建于元大德六年（1302年），占地约22000平方米，四进院落。主体建筑含先师门、大成门、大成殿及崇圣祠。现存198座进士题名碑，记载元明清三代进士名录。
福州仓山螺洲孔庙：村级孔庙代表
福建省福州市仓山区螺洲镇吴厝村。全国唯一保存较完整的村级孔庙。始建于南宋末年，明成化十年（1474年）重建，历经正德、隆庆年间重修。2025年6月28日完成六个月的修缮后重新开放。庙前棂星门为六柱华表式结构，雕有“鲤鱼跃龙门”图案。
其他区域性孔庙
- 四川德阳孔庙：占地20800平方米，具南方建筑特色，后花园保存完整
- 河南沁阳孔庙：位于沁阳市义合村，豫北始建最早的文庙，现存北魏碑记
- 吉林文庙：与曲阜孔庙、北京孔庙、南京夫子庙并称中国四大文庙
据清代统计，全国府州县孔庙数量超过1500处。广西现存9处，福建新发现文物点包含地方孔庙遗存。